Endoskopische Untersuchungen werden in der Pferdepraxis zur Diagnostik der Erkrankungen der oberen Atemwege und des vorderen Verdauungstraktes durchgeführt. Hier können unter anderem Ursache und klinische Bedeutung von krankhaften Atemgeräuschen genau geklärt werden.

Im Bereich der tiefen Atemwege ist eine endoskopische Untersuchung in Kombination mit einer bronchoalveolären Lavage (BAL) eine Möglichkeit, bereits im Frühstadium Pferde zu erkennen, die an einer wiederkehrenden Atemwegsobstruktion (RAO oder COB) allergischer Ursache leiden.